Nørre Aaby Skole har et tæt samarbejde med flere andre kommunale institutioner.

Middelfart Musikskole bidrager til undervisningen på 0., 1., 2. og 4. årgang med rytmik og blæseinstrumentsundervisning. Musikskolen låner Nørre Aaby Skoles lokaler og laver en gang årligt en skolekoncert. 

Middelfart Ungdomsskole tilbyder en bred vifte af aktiviteter for alle unge i Middelfart kommune.

Sundhedsafdelingen Middelfart kommune vejleder skolens forældre og personale i forhold til elevernes trivsel og sundhed. Der indbydes til sundhedsplejerskeundersøgelse på 0. 4. og 8. årgang hvert år.

Uddannelsesvejledningen Middelfart rådgiver skolens elever, forældre og personale i forhold til elevernes valg af uddannelse mv.

SSP kommer på skolen og afholder forældre- og elevmøder for 4. årgang vedr. brug af sociale medier, for 7. årgang vedr. alkohol og for 8. årgang vedr. rusmidler. Løbende afholdes møder mellem alle skoler i Middelfart Kommune og SSP til forebyggelse af kriminalitet, vold, hærværk og misbrug blandt unge. 

Af andre tværkommunale tiltag, som Nørre Aaby skole deltager i, kan nævnes: rundvisning og undervisning ved Middelfart Affald og genbrug, og guidede ture med naturvejlederne ved Naturcentret ved Hindsgaul Dyrehave.